ראשוני היהודים המשיחיים היו שניים עשר תלמידיו של ישוע. לאחר צליבת ישוע, מותו ותחייתו בשנת 30 לספירה לערך, היו בירושלים יותר מחמש מאות יהודים משיחיים. מספר קטן זה הלך וגדל במהירות עד שהגיע למספר של רבבות יהודים המאמינים שהמשיח הוא ישוע מנצרת. האמונה במשיחיותו של ישוע לא נמצאה רק בארץ ישראל אלא גם מחוץ לגבולות הארץ. אנו מוצאים עדויות לקיומם של יהודים משיחיים בסוריה, מצרים, מדינות אסיה, אירופה, ובאפריקה הצפונית.

ראשוני היהודים המשיחיים נתקלו בהתנגדויות וברדיפות מצד מנהיגי הדת בארץ, אשר הלכו והחריפו במרוצת השנים. בשנת 70 לספירה, לאחר שנחרב בית המקדש השני, גדל מספרם של היהודים המשיחיים בארץ, משום שרבים מן העם ראו בחורבן התגשמות של נבואתו של ישוע 40 שנה קודם לכן שבית המקדש ייחרב. היהודים המשיחיים ראו עצמם כחלק מן העם היהודי ואף חיו כשאר היהודים בזמנם ולקחו חלק בתפילות בבתי הכנסת. בסביבות השנים 80-90 לספירה יזם רבן גמליאל הקטן (נכדו של רבן גמליאל הידוע) את תפילת המינים (מאמיני ישוע הנוצרי) שנתווספה לתפילת שמונה עשרה, ובה נאמר שלמינים לא תהיה תקווה. תפילה זו כפתה על היהודים המשיחיים לעזוב את בתי הכנסת משום שהם לא יכלו לקחת חלק בתפילות כאלו. בשנת 135 לספירה גדל הקרע בין היהודים המשיחיים לבין שאר העם. בזמן מרד בר כוכבא סרבו המשיחיים לקחת חלק במרד, שכן רבי עקיבא הכריז על בר כוכבא כעל משיח ישראל. המשיחיים סרבו לשתף פעולה עם אחד שהוא משיח שקר בעיניהם (ואכן כך הוא היה), משום שהם האמינו שישוע הוא המשיח. מאותה התקופה נחשבו היהודים המשיחיים לבוגדים בעיני העם ונאסר כל קשר עימהם. את העוינות לישוע ניתן לראות בהפיכת שמו לקללה (ישו= ימח שמו וזכרו).

היהודים המשיחיים הלכו ונעלמו מאותה תקופה ואילך, שכן עמם היהודי סרב לקבלם וכמו כן גם הנוצרים מבין הגויים דחו אותם. במשך אלפיים השנים שחלפו תמיד היה מספר קטן של יהודים אשר האמינו במשיחיותו של ישוע, אך אלו נודו מהקהילה היהודית ונאלצו לחיות בין הגויים, כך שזהותם היהודית לא נשתמרה במשך השנים.

כיום שוב ניתן למצאו רבבות של יהודים המאמינים שישוע הוא המשיח, הן בארץ והן בחו"ל, וכמו לפני אלפיים שנה  עדיין הם מוצאים יחס עוין כלפיהם מצד אחיהם היהודים.